Во-первых, срок действия старых ID все-таки официально продлили до конца ноября (http://www.justiceservices.gov.mt/DownloadDocument.aspx?app=lp&itemid=24965&l=1). Можете распечатать и показывать особо наглым водителям и банковским работникам, считающим вашу ID просроченной.
Во-вторых, все еще по-разному рассматривают временные разрешения, выдаваемые при сдаче документов на новую ID. Формально старые ID вообще не должны забирать (но продолжают делать это), а на выданную бумажку те же водители и банкиры смотрят с подозрением. Никаких разъяснений так и нет :(
Еще раз повторю основные моменты по визам в европейских странах (уже описывал здесь: http://malta-ru.blogspot.co.uk/2013/02/blog-post_10.html):
- С долгосрочной визой (тип D), которую получают до приезда в страну и с residence permit, который выдается внутри страны - можно путешествовать по Шенгену (90 дней каждые полгода): Объяснение и собственно закон
- Мальтийские "новые ID" - это и есть, собственно, residence permit по унифицированному европейскому формату: описание формата
Так что, получив новую ID, можете спокойно ехать в Россию и возвращаться обратно :)